Cách Kê Khai Bổ Sung Thuế VAT Khi Bị Sai

Cách Kê Khai Bổ Sung Thuế VAT Khi Bị Sai là vấn đề mà nhiều kế toán thường gặp phải trong quá trình làm báo cáo thuế. Sai sót có thể đến từ việc ghi nhầm số liệu, định khoản chưa đúng, hoặc bỏ sót hóa đơn đầu vào – đầu ra. Nếu không xử lý kịp thời, doanh nghiệp có thể bị truy thu, phạt chậm nộp và ảnh hưởng uy tín.

Qua bài viết dưới đây của Lê Ánh Education, bạn sẽ được hướng dẫn chi tiết quy trình kê khai bổ sung thuế VAT đúng quy định, giúp hạn chế rủi ro và đảm bảo tuân thủ pháp luật.

I. Khi nào cần kê khai bổ sung thuế VAT (GTGT)?

Trong thực tế, việc kê khai thuế GTGT (VAT) thường phát sinh sai sót do khối lượng chứng từ lớn, phần mềm nhập liệu hoặc do kế toán chưa cập nhật kịp thời các quy định. Khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần thực hiện kê khai bổ sung đúng quy định để tránh bị xử phạt và đảm bảo số liệu báo cáo tài chính, quyết toán thuế chính xác.

1. Các trường hợp phổ biến cần kê khai bổ sung

a. Kê khai thiếu hóa đơn đầu ra / bỏ sót doanh thu

Doanh nghiệp phát hiện có hóa đơn bán hàng hoặc cung ứng dịch vụ đã xuất nhưng chưa kê khai vào tờ khai VAT.

Đây là lỗi nghiêm trọng vì làm giảm số thuế phải nộp, nếu không bổ sung kịp sẽ dẫn đến nguy cơ bị truy thu và phạt chậm nộp.

b. Kê khai nhầm thuế suất

Ví dụ: hàng hóa, dịch vụ đáng ra phải áp dụng thuế suất 10% nhưng kế toán nhầm thành 5%, hoặc trường hợp đáng ra không chịu thuế nhưng lại khai có thuế.

Sai sót này dẫn đến việc kê khai thiếu thuế phải nộp hoặc khấu trừ sai, gây mất cân đối khi đối chiếu với cơ quan thuế.

c. Kê khai thừa hóa đơn đầu vào

Doanh nghiệp hạch toán và kê khai khấu trừ VAT đầu vào cho những hóa đơn không đủ điều kiện (ví dụ: hóa đơn mua hàng thiếu chữ ký số hợp lệ, hoặc phát sinh ngoài hoạt động kinh doanh chịu thuế).

Nếu không điều chỉnh, số thuế khấu trừ sẽ cao hơn thực tế và có nguy cơ bị loại trừ khi thanh tra.

d. Kê khai sai giá trị hóa đơn, số liệu hoặc phụ lục

Trường hợp nhập nhầm giá trị hàng hóa, tiền thuế, hoặc kê khai sai các chỉ tiêu trong phụ lục bán ra, mua vào.

Sai sót này có thể không làm thay đổi số thuế phải nộp, nhưng ảnh hưởng đến sự chính xác của hồ sơ khai thuế, dễ gây nghi ngờ khi cơ quan thuế đối chiếu.

e. Trường hợp không ảnh hưởng đến số thuế phải nộp

Chỉ sai sót về hình thức hoặc chỉ tiêu thông tin như: mã số thuế đối tác, địa chỉ, số hóa đơn, ký hiệu…
Dù không ảnh hưởng đến số tiền thuế, doanh nghiệp vẫn nên kê khai điều chỉnh để đảm bảo tính chính xác của hồ sơ.

2. Điều kiện được kê khai bổ sung

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế và Thông tư hướng dẫn:

- Thời hạn: Người nộp thuế được quyền kê khai bổ sung trong vòng 10 năm kể từ thời điểm hết hạn nộp tờ khai gốc.

- Tình trạng kiểm tra/ thanh tra: Tờ khai chỉ được phép bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại doanh nghiệp.

- Nguyên tắc “sai đâu sửa đó”: Khi kê khai bổ sung, doanh nghiệp chỉ được điều chỉnh đúng phần sai sót, không được thay đổi các chỉ tiêu khác đã kê khai đúng.

3. Trường hợp không được kê khai bổ sung – phải xử lý khác

Có những trường hợp doanh nghiệp không được phép thực hiện kê khai bổ sung, thay vào đó phải xử lý theo quy trình riêng:

- Đã có quyết định kiểm tra/ thanh tra thuế: Nếu sai sót phát hiện sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định kiểm tra, thì không được tự kê khai bổ sung nữa. Khi đó, sai sót sẽ được cơ quan thuế lập biên bản và xử lý trực tiếp trong quá trình thanh tra.

- Sai sót liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế: Các trường hợp này không thể kê khai bổ sung để “hợp thức hóa” mà sẽ bị xử phạt theo quy định pháp luật.

- Sai sót không thuộc phạm vi kê khai VAT: Ví dụ: hóa đơn bị hủy, lập sai phải xuất lại hóa đơn thay thế, hoặc các vấn đề liên quan đến loại hình thuế khác (thuế TNDN, thuế TNCN). lý khác

>>> Xem thêm: Cách Tính Thuế VAT Trong Mọi Trường Hợp

II. Thời hạn & hồ sơ kê khai bổ sung thuế VAT

Khi phát hiện sai sót trong tờ khai thuế GTGT, doanh nghiệp cần nắm rõ thời hạn được phép kê khai bổ sung và hồ sơ cần chuẩn bị để thực hiện đúng quy định, tránh bị trả lại hồ sơ hoặc xử phạt hành chính.

1. Thời hạn kê khai bổ sung

Theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản hướng dẫn: Doanh nghiệp được quyền kê khai bổ sung trong vòng 10 năm, tính từ ngày hết thời hạn nộp tờ khai thuế gốc.

Ví dụ: Tờ khai VAT kỳ tháng 01/2023 có hạn nộp là ngày 20/02/2023. Doanh nghiệp có quyền kê khai bổ sung cho kỳ này đến hết ngày 20/02/2033.

- Điều kiện tiên quyết: Việc kê khai bổ sung phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở doanh nghiệp. Sau thời điểm này, nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp không được tự điều chỉnh mà phải chấp nhận để cơ quan thuế xử lý trong biên bản kiểm tra.

- Số lần bổ sung: Doanh nghiệp có thể kê khai bổ sung nhiều lần cho cùng một kỳ nếu tiếp tục phát hiện sai sót mới. Mỗi lần sẽ được đánh dấu bằng “Lần bổ sung thứ X” trên tờ khai.

2. Hồ sơ cần chuẩn bị khi kê khai bổ sung

Khi thực hiện kê khai bổ sung, doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ để nộp cho cơ quan thuế, bao gồm:

a. Tờ khai bổ sung / điều chỉnh

Sử dụng tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT (nộp bổ sung) trên HTKK hoặc cổng thuế điện tử.

Kế toán chọn “Tờ khai bổ sung”, nhập số lần bổ sung, và điều chỉnh trực tiếp tại chỉ tiêu sai sót.

b. Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (Mẫu 01-1/KHBS)

Là phụ lục bắt buộc đi kèm theo tờ khai bổ sung. Nội dung chính:

• Diễn giải lý do phát sinh sai sót.
• Chỉ ra số liệu đã khai, số liệu đúng, số chênh lệch.
• Xác định số thuế phải nộp thêm hoặc giảm đi.
• Đính kèm hóa đơn, chứng từ, hợp đồng, biên bản điều chỉnh (nếu cơ quan thuế yêu cầu hoặc trong các trường hợp phức tạp).

c. Các tài liệu liên quan đính kèm

- Hóa đơn đầu ra, đầu vào có sai sót.

- Biên bản hủy/điều chỉnh hóa đơn (nếu có).

- Phụ lục kê khai (mua vào, bán ra).

- Các chứng từ kế toán khác chứng minh cho việc điều chỉnh.

3. Trường hợp không phát sinh thay đổi số thuế

Trong một số trường hợp sai sót không làm thay đổi số thuế phải nộp hoặc khấu trừ, doanh nghiệp vẫn cần xử lý theo quy định:

Nếu sai sót chỉ nằm ở các chỉ tiêu thông tin (mã số thuế, địa chỉ, ký hiệu hóa đơn, số thứ tự hóa đơn...) và không ảnh hưởng đến chỉ tiêu 40 (số thuế phải nộp) hoặc 43 (số thuế khấu trừ chuyển kỳ sau), thì doanh nghiệp chỉ cần nộp Bản giải trình 01-1/KHBS.

Tuy nhiên, trên thực tế, phần mềm HTKK/cổng thuế điện tử vẫn yêu cầu lập Tờ khai bổ sung, sau đó ghi rõ trong phụ lục KHBS rằng “số thuế không thay đổi, chỉ điều chỉnh thông tin”.

III. Hướng dẫn kỹ thuật kê khai bổ sung (trên phần mềm)

Hiện nay, việc kê khai bổ sung thuế GTGT được thực hiện chủ yếu qua phần mềm HTKK (Hỗ trợ kê khai) hoặc trực tiếp trên Cổng thông tin Thuế điện tử. Một số phần mềm kế toán (MISA, Fast, SAP…) cũng có chức năng tích hợp để tự động xuất file XML phục vụ kê khai.

1. Trên HTKK hoặc Cổng thông tin Thuế điện tử

a. Truy cập module kê khai bổ sung

Đăng nhập vào phần mềm HTKK (phiên bản mới nhất) hoặc Cổng thông tin Thuế điện tử thuedientu.gdt.gov.vn.

Chọn Tờ khai thuế GTGT → Chọn kỳ kê khai → Tích chọn “Tờ khai bổ sung”.

b. Chọn số lần bổ sung, nhập ngày lập KHBS

Trong ô “Lần bổ sung thứ…”, nhập số lần bổ sung cho kỳ đó (1, 2, 3…).

Ghi ngày lập bản giải trình KHBS (Mẫu 01-1/KHBS).

c. Điều chỉnh các chỉ tiêu sai (nguyên tắc “sai đâu sửa đó”)

Tại màn hình kê khai, phần mềm hiển thị tờ khai gốc đã nộp. Kế toán chỉ được sửa các chỉ tiêu bị sai, tuyệt đối không điều chỉnh những chỉ tiêu khác vốn đúng.

Ví dụ: sai thuế suất thì sửa ở chỉ tiêu “Doanh thu, thuế suất”, sai hóa đơn đầu ra thì thêm đúng số liệu vào chỉ tiêu “Hàng hóa dịch vụ bán ra chịu thuế”.

d. Nhập mã giao dịch điện tử của tờ khai gốc

Đây là dãy số do hệ thống cấp khi nộp tờ khai gốc (tra cứu trong mục “Tra cứu tờ khai” → lấy mã giao dịch). Nhập đúng mã này để cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu gốc và bổ sung.

e. Bấm “Tổng hợp KHBS”, kiểm tra kết quả

Sau khi sửa số liệu, chọn chức năng “Tổng hợp KHBS”. Hệ thống sẽ tự động tính chênh lệch số thuế, hiển thị số tiền tăng/giảm so với tờ khai ban đầu.

f. Xuất XML & gửi qua mạng

Sau khi hoàn tất, kế toán kết xuất file XML.

Truy cập thuedientu.gdt.gov.vn → Đăng nhập bằng MST → Nộp tờ khai → Tải file XML lên → Ký số và nộp.

Hệ thống gửi thông báo tiếp nhận, nếu hợp lệ sẽ có thông báo chấp nhận (mã giao dịch).

2. Trên phần mềm kế toán (MISA, Fast, SAP…)

Một số phần mềm kế toán hiện nay đã tích hợp chức năng hỗ trợ kê khai:
MISA SME: có module “Thuế” → “Tờ khai thuế GTGT” → Chọn Bổ sung → phần mềm tự sinh file XML theo đúng chuẩn của HTKK

Fast Accounting: hỗ trợ nhập điều chỉnh trực tiếp trên bảng kê bán ra/mua vào → sinh file KHBS.

SAP/ERP: thường được cấu hình riêng cho doanh nghiệp FDI, có thể xuất dữ liệu kê khai theo định dạng XML để nộp qua cổng thuế.

3. Ví dụ minh hoạ

Trường hợp cơ bản:

Doanh nghiệp phát hiện bỏ sót một hóa đơn bán ra trị giá 100 triệu, thuế suất 10% trong kỳ tháng 6/2023.
Cách làm:

Vào kỳ 06/2023 → Tờ khai bổ sung lần 1. Nhập thêm 100 triệu vào chỉ tiêu [32] (Doanh thu chịu thuế 10%).

Hệ thống tự động tính thêm 10 triệu vào chỉ tiêu [33] (Thuế GTGT). Sau khi tổng hợp KHBS, số thuế phải nộp tăng thêm 10 triệu.

Trường hợp phức tạp:

Kế toán kê khai nhầm thuế suất 5% thay vì 10% cho lô hàng trị giá 200 triệu.

Tờ khai gốc đã ghi: Doanh thu 200 triệu tại chỉ tiêu 30 (5%), thuế GTGT = 10 triệu.

Thực tế phải là: Doanh thu 200 triệu tại chỉ tiêu 32 (10%), thuế GTGT = 20 triệu.

Cách làm:

Vào tờ khai bổ sung → xoá 200 triệu ở chỉ tiêu 30, nhập 200 triệu vào chỉ tiêu 32.

Hệ thống tự động tính lại số thuế 20 triệu, chênh lệch tăng thêm 10 triệu phải nộp.

4. Cách nhập điều chỉnh ở phần phụ lục

Nếu sai sót liên quan đến bảng kê bán ra/mua vào, kế toán phải mở phụ lục tương ứng (01-1/GTGT, 01-2/GTGT). Thêm hóa đơn bị bỏ sót, hoặc sửa lại hóa đơn kê khai sai.

Trường hợp hóa đơn hủy/điều chỉnh: ghi “Âm” ở chỉ tiêu giá trị để loại bỏ hóa đơn sai, sau đó nhập hóa đơn đúng.

5. Xử lý khi phần mềm báo lỗi / cảnh báo

Một số lỗi thường gặp:

- Sai kỳ kê khai: Doanh nghiệp chọn nhầm tháng/quý. → Giải pháp: kiểm tra lại kỳ tính thuế, khai đúng kỳ phát sinh sai sót.

- Không tìm thấy mã giao dịch gốc: Do nhập sai mã hoặc chưa lưu hồ sơ cũ. → Giải pháp: tra cứu lại trên Cổng thuế điện tử.

- Sai định dạng XML: Do phiên bản HTKK chưa cập nhật mới. → Giải pháp: tải bản HTKK mới nhất từ Tổng cục Thuế.

- Thông báo cảnh báo nhưng không từ chối: Hệ thống có thể cảnh báo trùng số hóa đơn, sai mã ngành… nhưng vẫn chấp nhận hồ sơ. Kế toán cần lưu ý để giải trình sau này.

IV. Xác định kết quả & xử lý sau kê khai bổ sung

Sau khi lập tờ khai bổ sung (KHBS), bước quan trọng nhất là xác định kết quả cuối cùng: liệu số thuế GTGT phải nộp có tăng/giảm, phát sinh tiền chậm nộp, hay số thuế được khấu trừ có thay đổi. Từ đó doanh nghiệp đưa ra cách xử lý phù hợp.

1. Cách xác định tăng / giảm số thuế phải nộp hoặc số thuế được khấu trừ

- Tăng số thuế phải nộp: Xảy ra khi doanh nghiệp bỏ sót hóa đơn đầu ra, kê khai thiếu doanh thu, hoặc khai nhầm thuế suất thấp hơn thực tế. Kết quả KHBS hiển thị số thuế phải nộp bổ sung (dương).

- Giảm số thuế phải nộp: Xảy ra khi doanh nghiệp kê khai thừa đầu ra hoặc chưa ghi nhận hóa đơn đầu vào hợp lệ. Kết quả KHBS hiển thị số thuế phải nộp giảm (âm).

- Thay đổi số thuế được khấu trừ: Trường hợp bổ sung hóa đơn đầu vào đủ điều kiện, hoặc loại bỏ hóa đơn không hợp lệ. Hệ thống tự động điều chỉnh chỉ tiêu [43] (số thuế khấu trừ kỳ sau chuyển sang).

Nguyên tắc là tờ khai KHBS chỉ ra phần chênh lệch, cơ quan thuế sẽ căn cứ vào đó để xác định nghĩa vụ cuối cùng của doanh nghiệp.

2. Số tiền chậm nộp (nếu kê khai ngoài thời hạn)

Theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14 và Nghị định 125/2020/NĐ-CP:

Tiền chậm nộp = 0,03%/ngày × Số thuế nộp thiếu × Số ngày chậm nộp.

Cách tính số ngày chậm nộp: Tính từ ngày tiếp sau ngày cuối cùng của hạn nộp tờ khai gốc đến ngày doanh nghiệp nộp đủ số tiền thuế bổ sung.

Ví dụ: Tờ khai tháng 06/2023 hạn nộp 20/07/2023. Doanh nghiệp kê khai bổ sung ngày 30/10/2023, số thuế thiếu là 50 triệu.

Số ngày chậm = từ 21/07/2023 đến 30/10/2023 = 102 ngày.

Tiền chậm nộp = 50.000.000 × 0,03% × 102 = 15.300.000 đồng.

Lưu ý: Nếu số thuế phải nộp giảm hoặc số thuế được khấu trừ tăng thêm thì không phát sinh tiền chậm nộp.

3. Cách xử lý khi kết quả là âm (giảm thuế)

Khi KHBS cho ra kết quả âm (nghĩa là số thuế phải nộp thực tế ít hơn số đã kê khai gốc), doanh nghiệp có các lựa chọn:

- Bù trừ vào kỳ sau: Đây là cách phổ biến nhất. Số thuế giảm sẽ được khấu trừ vào nghĩa vụ thuế của kỳ tính thuế tiếp theo.

- Hoàn thuế (nếu đủ điều kiện): Trường hợp doanh nghiệp kê khai thừa và đã nộp số thuế lớn hơn thực tế, có thể làm hồ sơ hoàn thuế. Tuy nhiên, thủ tục hoàn thuế khá phức tạp, thường áp dụng cho các doanh nghiệp xuất khẩu hoặc có số thuế nộp thừa lớn.

- Điều chỉnh vào sổ kế toán: Kế toán phải phản ánh khoản giảm này vào sổ sách, tránh chênh lệch giữa sổ kế toán và hồ sơ thuế.

4. Kê khai vào kỳ hiện tại hoặc gộp vào kỳ khác

- Kê khai vào kỳ hiện tại: Nếu sai sót phát hiện sớm, một số trường hợp có thể điều chỉnh ngay trong kỳ hiện tại (ví dụ: hóa đơn phát sinh tháng 7 nhưng nhầm sang tháng 8, phát hiện trong kỳ). Tuy nhiên, về nguyên tắc, cơ quan thuế vẫn yêu cầu lập KHBS cho đúng kỳ phát sinh.

- Gộp vào kỳ khác: Chỉ áp dụng trong trường hợp đặc biệt khi cơ quan thuế chấp thuận (ví dụ doanh nghiệp kê khai nhầm nhưng số thuế không thay đổi).

Trên thực tế, để an toàn, kế toán vẫn nên lập KHBS riêng từng kỳ, tránh rủi ro bị bác bỏ.

5. Khi nào sẽ bị kiểm tra, đối chiếu hồ sơ của cơ quan thuế

Kê khai bổ sung là nghiệp vụ bình thường, nhưng có thể dẫn tới kiểm tra thuế nếu:

- Số thuế bổ sung lớn (đặc biệt tăng thuế phải nộp nhiều kỳ liên tiếp).

- Sai sót liên quan đến hóa đơn điện tử (sai mã số thuế, sai số tiền trên hóa đơn, kê khai hóa đơn bất hợp pháp).

- Có dấu hiệu gian lận thuế: như kê khai nhiều lần hóa đơn, kê khai khấu trừ hóa đơn không hợp lệ.

- Tần suất bổ sung quá nhiều: Doanh nghiệp liên tục nộp KHBS cho nhiều kỳ, gây nghi ngờ năng lực kiểm soát số liệu.

Khi đó, cơ quan thuế có thể ra quyết định kiểm tra hoặc yêu cầu doanh nghiệp cung cấp hồ sơ chứng minh (hóa đơn, hợp đồng, bảng kê chi tiết).

Việc nắm vững cách kê khai bổ sung thuế VAT khi bị sai giúp kế toán chủ động xử lý sai sót, hạn chế tối đa rủi ro về thuế và tránh các khoản phạt không đáng có. Thực hiện đúng quy trình bổ sung không chỉ đảm bảo tính tuân thủ pháp luật, mà còn góp phần nâng cao uy tín và tính minh bạch tài chính của doanh nghiệp.

Để được hướng dẫn chi tiết hơn và thực hành trực tiếp trên hồ sơ thực tế, bạn có thể tham khảo các khóa học thực hành tại Lê Ánh Education, nơi cung cấp kiến thức chuyên sâu và giải đáp tận tình những vướng mắc trong công việc kế toán.

>>> Tham khảo: KHÓA HỌC KẾ TOÁN TỔNG HỢP THỰC HÀNH